С учетом изложенной концепции состояний объектов Ваш стандартный рабочий процесс по внесению изменений в репозиторий будет выглядеть следующим образом:
Вы добавляете, удаляете и изменяете файлы в рабочей папке;
Вы отмечаете файлы для внесения в ревизию;
Вы фиксируете изменения — создаете ревизию, при этом отмеченные для внесения в ревизию файлы сохраняются в локальной базе данных Git.